În ianuarie 2006, Forța Internațională de Asistență pentru Securitate (ISAF) a fost desfășurată în Afganistan pentru a asista armata SUA și Marea Britanie în lupta împotriva talibanilor paramilitari islamiști. Guvernul SUA i-a acuzat pe talibani că adăpostește capul Al-Qaeda, Osama bin Laden, și a cerut extrădarea acestuia. Conducerea talibanilor a refuzat să se conformeze acestei cereri, spunând că Statele Unite nu au furnizat dovezi ale vinovăției lui Osama în atacurile din 11 septembrie 2001.
Până la sfârșitul anului 2001, structura militară a talibanilor a fost practic distrusă, iar rezistența susținătorilor săi a luat forma unei mișcări de gherilă. Țările occidentale au investit puternic în dezvoltarea democrației și a structurii sociale a Afganistanului. În 2004, primele alegeri prezidențiale ale țării au fost câștigate de Hamid Karzai, un politician suficient de loial față de Occident. Cu toate acestea, rezistența susținătorilor talibani nu a reușit să fie suprimată. Gherilele au luptat acerb în ciuda superiorității militare copleșitoare a ISAF.
Franța, ca și ceilalți membri ai alianței, a suferit pierderi în echipamente și forță de muncă. În cei 10 ani de război din Afganistan, 83 de soldați au fost uciși și de mai multe ori răniți. Decizia de a implica Franța în operațiunea militară nu a fost foarte populară în rândul populației, iar rapoartele despre pierderile soldaților francezi au crescut nemulțumirea față de guvern.
La 20 ianuarie 2012, în provincia Kapisa, un bărbat cu uniforma armatei afgane a împușcat 4 și a rănit 16 soldați francezi. După aceea, Nicolas Sarkozy (președintele francez din 2007 până în 2012) a spus că, din moment ce guvernul afgan nu poate garanta siguranța trupelor franceze, Franța își suspendă prezența militară în acea țară. Sarkozy a promis că va retrage trupele din Afganistan până la începutul anului 2014.
În 2012, François Hollande a fost ales președinte al Franței, care a anunțat un nou plan de retragere din Afganistan. 2.000 de militari vor fi retrași până la sfârșitul anului 2012, 1.400 rămân în calitate de instructori și păzesc facilitățile sociale. Președintele și-a explicat decizia prin faptul că pericolul teroriștilor s-a diminuat, democrația a devenit mai puternică și țara trebuie să se dezvolte independent. Șeful republicii a promis că Franța va continua să sprijine Afganistanul, dar într-o altă formă.
